Ver.9.7（2020/06/23）より追加された新要素。
本能と同じく、未来編3章を攻略すると解放される。
一部の解放されたキャラに装着することで、特定の属性に対するダメージを上げたり、被ダメージを軽減したりする効果が得られる。
主に発掘ステージから入手でき、ドロップすると本能玉貯蔵庫に入る。
| ランク上昇 | 必要数 |
|---|---|
| D→C | 2個 |
| C→B | 2個 |
| B→A | 3個 |
| A→S | 3個 |
また、不要になった場合はNPに交換することもできる。
| ランク | NP量 |
|---|---|
| D | 1NP |
| C | 2NP |
| B | 7NP |
| A | 7NP |
| S | 25NP |
前述の本能玉が解放されたキャラについて、パワーアップの本能ページで本能玉を1個装着することができる。
それぞれの効果の度合いは下表の通り。
| ランク | ダメージアップ | ダメージ軽減 |
|---|---|---|
| D | Lv.2相当 | 4% |
| C | Lv.4相当 | 8% |
| B | Lv.6相当 | 12% |
| A | Lv.8相当 | 16% |
| S | Lv.10相当 | 20% |
ダメージアップの本能玉は、対応する属性の敵に対して、装着したキャラのレベル2～10程度に相当する分のダメージ量を増やす。
このダメージの増加量は固定で、攻撃力上昇や超ダメージといった特殊能力で〇倍化されず、敵の攻撃力ダウンを付与されても半減されない。
つまり、以下のような計算となる。
(与えるダメージ量)=(通常ダメージ量)×(妨害や特性等による変化率)+(本能玉による増加分)
一方、ダメージ軽減の本能玉は、対応する属性の敵から受けるダメージ量を4～20％減らす。
こちらは、ダメージアップの本能玉の場合と違い、最終的なダメージ量への掛け算で軽減される。
なお、一度装着したあと上書きすると消滅する。
外せば貯蔵庫に戻るが、10NP消費するのでよく考えて装着しよう。
注：2020/07/07時点の情報。今後のアップデートで増える可能性あり。
地図を開いた時の名称（「赤き～」など）でドロップする本能玉の属性種類が分かる。
各難易度ごとにステージ名がまとまっており、それぞれドロップする本能玉のランクは表の通り。
なお、Sランクはドロップせず、合成でのみ得られる。
難易度 ステージ名 入手できる本能玉
粗悪な地図 起源の祠 C・D
普通の地図 頂の祠 B・C・D
最高の地図 秘境の祠 A・B・C・D
| 難易度 | ステージ名 | 入手できる本能玉 |
|---|---|---|
| 粗悪な地図 | 起源の祠 | C・D |
| 普通の地図 | 頂の祠 | B・C・D |
| 最高の地図 | 秘境の祠 | A・B・C・D |
内容については発掘ステージ参照。
各ステージは、同列の発掘ステージよりやや難しい。
ただし、敵はドロップする本能玉の属性のみの編成であるため、それに特化したキャラで対抗しよう。
また、一部「最高」難易度ステージには、真レジェンドに登場する敵も出るので注意。
織田信長